De natuurlijke vegetatie bestaat uit alpine toendra in het hooggebergte en steppe- en woestijnvegetatie in de overige gebieden. In het oosten van het land, waar de regenval minder schaars is, komen naald- en loofbossen voor. Alleen in het groene Nuristan is er sprake van een flink bosbestand. In het subtropische gebied tussen het hoogland en de woestijn in het zuiden groeien dadelpalmen.
Dieren
In het hooggebergte komt nog op vrij grote schaal wild voor. Onder andere de met uitsterven bedreigde sneeuwpanter en de lammergier. Verder leven er wilde geiten en schapen met lange, spectaculair gedraaide horens, gazellen en halfezels.