Burundi ligt in centraal Afrika ten oosten de Democratisch Republiek Congo. Burundi grenst verder aan Rwanda en Tanzania.
De oppervlakte van Burundi is bijna 28.000 vierkante kilometer. Burundi is daarmee ongeveer 0,8 keer zo groot als Nederland.
Het landschap is heuvel- en bergachtig. De Kongo-Nijl-kam (een randgebergte) loopt door in Burundi, langs de Rusizivallei en het Tanganyikameer. Alleen de hoogste delen zijn met bos bedekt (het Kibira Nationaal Park). Ten oosten van het randgebergte is een plateau met een gemiddelde hoogte van 1700 meter. Langs de noordoost grens met Tanzania stroomt de Ruvubu, de bronrivier van de Nijl. Noordoost-Burundi is relatief vlak en omvat meren, moerassen en parksavannes. Het zuidoosten bestaat uit de relatief droge Kumosolaagte. Mount Heha is met 2670 m het hoogste punt van Burundi, Lake Tanganyika met 772 meter het laagste.