Door het ontbreken van bossen verdwenen ook de grote dieren uit Hongkong. Wilde zwijnen zijn er nog wel, teveel zelfs; ze bezorgen de boeren veel overlast. Bijzonder zijn de muntjaks, kleine hertjes, die zelfs op Hongkong Island voorkomen. De Chinese luipaardkat is nog wel eens te vinden in de New Territories en verder komen er nog voor dassen, otters, civetkatten, stekelvarkens, spitsmuizen en vleermuizen. Bijzonder is de Chinese pangolin, een miereneter die zich kan oprollen als een gordeldier.
In de afgelegen gebieden van de New Territories leven honderden vogelsoorten, van zilverreigers en kaketoes tot mynah’s en pelikanen.