Enorme bossen strekken zich tot 1300 m hoogte uit, hierdoor is bosbouw één van de traditionele peileirs van de economie van de Jura. In de dalen komen akkerbouw, veehouderij en fruitteelt voor, op de zuidhellingen wijnbouw. De zuivelindustrie is belangrijk. De Jura staat bekend om haar kaas. De bekendste kazen zijn de Comté, Morbier, Bleu de Haut-Jura en de Vacherin. Uit de huisnijverheid ontwikkelde zich een belangrijke uurwerkindustrie, met als centrum Besancon. Plaatselijk komen houtbewerking, metaal- en textielindustrie voor. Zo zijn er Peugeotfabrieken (auto's) en Alsthomfabrieken (TGV). Zoutwinning is er aan de westzijde en bij de Rijn. Er zijn asfaltgroeven en minerale bronnen.